Na Amazônia, a principal praga é a abelha-de-cachorro, também conhecida como arapuá (Melipona ruficrus), que durante a floração destrói as flores e os botões florais, reduzindo a produção. A medida de controle recomendada consiste na eliminação dos ninhos, geralmente encontrados na capoeira e na mata das proximidades.

A pupunheira também é atacada por lagartas esverdeadas, que têm o hábito de enrolar os folíolos para se alimentar e se proteger de seus inimigos naturais. Para controla-las, usam-se inseticidas fosforados, na concentração de 1g do produto comercial para 1 litro de água.

Como principais doenças incluem-se a antracnóse (manhas nas folhas), causada pelo fungo Colletotrichum gloeosporioides, e a podridão-negra-dos frutos ocasionada inicialmente pelo fungo thielaviopsis paradoxa, em sua forma imperfeita, e pelo Ceratocytis paradoxa, na forma perfeita.

O controle deve ser feito a partir da formação de mudas no viveiro e no início da floração, continuando no decorrer da frutificação, principalmente na época da umidade excessiva, com pulverizações com produtos à base de cobre.